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自1980年代，林務局移撥多個國有林班地做為試驗樣地，經1987年籌備處設立到1990年正式成立福山分所，再到現今的林試所福山研究中心，福山試驗林生態研究歷經近40年。
福山試驗林為中低海拔天然闊葉樹林，擁有臺灣最大的森林動態樣區，也是臺灣第一座國際長期生態研究的森林生態系研究站。做為探討森林生態系功能、結構與各類型因子間長期動態發展的系統，福山試驗林有多項長期生態研究計畫持續進行中，並已有可觀的發表。
有鑒於此，臺灣生態研究網（Taiwan Ecological Research Network, TERN）現任總召集人——臺灣大學地理環境資源學系黃倬英教授將福山所進行的長期生態研究成果整理收錄，詳見連結
1990年代，由林業試驗所金恒鑣博士發起臺灣長期生態研究網（Taiwan Ecological Research Network, TERN），陸續成立多個自然生態系之長期生態研究站。相較於自然生態系，農業生態系同時肩負糧食生產、經濟支持、生態系服務與社會維持……等功能。落實永續農業的過程中，在施作方式、肥料及農藥施用改變的情況下，維持產量甚至增產，同時降低對於生態系統的影響——生物多樣性的保育與減少土壤、水資源衝擊，以達到永續利用，為永續農業的關鍵目標；而要能回應這些問題，需要有長期的生態監測研究。在面臨氣候變遷，要對變動的趨勢有良好的掌握，也需要有長期的研究才能提供完整的圖像。
2000年同樣由金恒鑣博士發起，邀集農業與生態相關人士共同規劃與推動農業長期生態研究。2002年舉辦農業生態系長期研究研討會，邀請美國Kellogg Biological Station(KBS)長期農業生態研究站人員參與並有多次站點互訪，針對組織成立與運營、試驗運作、資料管理與未來研究方向進行廣泛交流。2006年起在臺灣中部設立核心監測站，針對稻米、亞熱帶果樹及茶作等農業生態系進行長期的研究；2020年擴大研究，增設農業衛星站、漁業試驗衛星站，針對不同作物及養殖漁業周邊生態系統進行長期研究。詳細相關研究請參閱 臺灣農業長期生態研究
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